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本系之前身為台灣省立屏東農業專科學校農田水利科,始創於民國49年,民國61年更名為農業工程科。民國64年再更名為農業土木工程科。民國70年改名為國立屏東農業專科學校農業土木工程科。民國80年改制為國立屏東技術學院土木工程技術系,招收二年制學生;民國81年設置進修部招收二年制學生,民國82年成立碩士班。民國87年更名為國立屏東科技大學土木工程系,並於民國88年成立日間部四年制及碩士班在職專班。民國93年停招日間部與夜間部二年制並增日間部四年制一班。民國94年8月本校成立「坡地防災與水資源工程研究所」博士班。98學年度坡防所改制為土木工程系博士班,使得本系包含大學部,碩士班及博士班完整學制。